«СССРдин Пенсиялык фондунун Кыргыз республикалык бөлүмүнүн маселелери» 1990—жылдын 18-декабрындагы № 364 Кыргыз Республикасынын Миинистрлер Советинин токтому менен советтик адамдардын жашоо шартын мындан ары жакшыртуу, коомдук мамилелердин бардык чөйрөлөрүндө социалдык адилеттүүлүк принцибин бир кыйла толук ишке ашыруу максатында Кыргыз ССРнин Министрлер Совети жана Кыргызстандын Профсоюздар Федерациясынын Совети тарабынан Кыргыз ССР пенсия менен камсыз кылуунун финансыларын мамлекеттик башкаруучу орган катары СССРдин Пенсиялык фондунун Кыргызстандагы республикалык бөлүмүн уюштуруу тууралу чечим кабыл алынган. Ошону менен бирге СССРдин Пенсиялык фондунун Кыргызстандагы республикалык бөлүмү өз алдынча финансылык-банктык система жана СССРдин Пенсиялык фондунун Кыргызстандагы республикалык бөлүмүнүн акча каражаттары республиканын бюджетинин курамына кирбейт деп аныкталган.

    Андан соң, “Кыргызстан Республикасынын Пенсиялык фонду жөнүндө” Кыргыз Республикасынын Президентинин 1992-жылдын 6-июлундагы ПЖ № 217 Жарлыгы менен СССРдин Пенсиялык фондунун Кыргызстандагы бөлүмү Кыргызстан Республикасынын Өкмөтүнө караштуу Кыргызстан Республикасынын Пенсиялык фондуна кайра түзүлгөн. Кыргызстан Республикасынын Пенсиялык фонду пенсия менен камсыз кылуу финсансыларын мамлекеттик башкарууну жүзөгө ашырган жана Кыргызстан Республикасынын бардык аймагында өз ишмердигин жүргүзгөн өз алдынча финансылык-кредиттик система катары аныкталган. Пенсиялык фонддун акча каражаттары мамлекеттик жана башка бюджеттердин курамына кирбестен, салык жана жыйымдар алынган эмес, бирок Пенсиялык фонд Кыргыз Республикасынын Өкмөтүнө отчет берген.

   Андан кийин социалдык камсыздандыруу чыгымдарын каржылоо системасын өркүндөтүү, бул максаттарга каражаттардын туура жана эффективдүү пайдаланылышына контролду камсыз кылуу максатында 1993-жылдын 3-ноябрындагы № 535 “Кыргыз Республикасынын Социалдык фондун түзүү жөнүндө” Кыргыз Республикасынын Өкмөтүнүн токтому менен 1993-жылдын 1-ноябрынан баштап Пенсиялык фонддун, Кыргызстан Прфсоюздар Федерациясынын Советинин социалдык камсыздандыруу фондунун жана Кыргыз Республикасынын Эмгек жана социалдык коргоо министрлигинин иИш менен камсыз кылууга көмөктөшүү мамлекеттик фондунун базасында Кыргыз Республикасынын Социалдык фонду уюшулган.

Аталган токтом менен Социалдык фонд мамлекеттик башкаруунун башка борбордук органдарындай Кыргыз Республикасынын калкын социалдык коргоонун мамлекеттик системасына кирген өзалдынча финансылык-кредиттик түзүм экендиги белгиленген. Фонддун акча каражаттары мамлекеттик бюджеттин курамына кирбейт жана менчиктин бардык түрлөрүнүн иш берүүчүлөрдүн, ишкердик жана жеке ишмердик менен алектенген адамдардын, жарандардын милдеттүү төгүмдөрүнүн, Кыргыз Республикасынын мамлекеттик бюджетинин каражаттарынын жана башка түшкөн каражаттардын  эсебинен түзүлөт.

     1998-жылы «Кыргыз Республикасынын Социалдык фонду жөнүндө» КР Президентинин 1998-жылдын 24-январындагы № 24 Жарлыгы менен Кыргыз Республикасынын Өкмөтүнө караштуу КР Социалдык фонду КР Социалдык фондуна кайра уюшулган жана министрлик статусуна теңештирилген.

2004-жылдын 2-августунда “Кыргыз Республикасынын Социалдык фонду жөнүндө” Кыргыз Республикасынын Мыйзамы кабыл алынган, анда Социалдык фонд өзалдынча башкаруу принцибинде иш алып барган Кыргыз Республикасында мамлекеттик социалдык камсыздандыруу жана пенсия менен камсыз кылуу системасынын аткаруучу органы болуп саналаары көрсөтүлгөн.

     Ошентип 1991-жылдан тартып республикада мамлекеттик социалдык камсыздандыруунун жана пенсия менен камсыз кылуунун бирдиктүү өзалдынча башкаруу системасы түзүлгөн анын аткаруучу органы болуп мамлекеттик социалдык камсыздандыруу жана пенсия менен камсыз кылуу жаатындагы макулдашылган саясатты иштеп чыгуу жана ишке ашыруу, камсыздандыруу төгүмдөрүн жыйноо, топтоо, пенсия жана жөлөкпулдарды чектөө жана төлөп берүү, Милдеттүү медициналык камсыздандыруу жана Эмгекчилердин ден соолугун чыңдоо фонддорун каржылоо функцияларын жүзөгө ашырган Кыргыз Республикасынын Социалдык фонду эсептелет.  

      1996-жылы Кыргыз Республикасынын Социалдык фонду КМШнын аймагында эң алгачкылардан болуп камсыздандыруу төгүмдөрүн жекече эсепке алууну киргизген, бул пенсия белгиленген өлчөмдөгү социалдык жөлөкпул болуп эсептелген “жалпы метод” боюнча көнгөн “советтик” пенсия менен камсыз кылуу системасынан арылууга жана Кыргызстандын пенсиялык системасына топтомо бөлүктү киргизүү боюнча алгачкы стратегиялык пландарды белгилөөгө мүмкүндүк берди. 

   СССРдин Пенсиялык фондунун Кыргыз республикалык бөлүмү уюшулган жана Кыргыз Республикасынын Социалдык фонду түзүлгөндөн баштап мамлекеттик социалдык камсыздандыруу бюджети СССРдин Пенсиялык фондунун каражаттарынан колдоо алган эмес, т.а. жогоруда көрсөтүлгөн кайрадан уюшулган мекемелерге финансылык жактан камсыз кылбастан мурунку СССРдин жарандарын пенсия менен камсыз кылуу боюнча милдеттенмелер берилген.  Постсоветтик мейкиндикте анын ичинде биздин республикада советтик пенсиялык системаны реформалоо эларалык донорлордун жана уюмдардын, негизинен Дүйнөлүк банктын колдоосунда ишке ашырылган. Бирок, бул колдоо техникалык, консультациялык жардам мүнөзүндө болгон. Мисалы TASIC программасы боюнча «Социалдык камсыздандыруу реформасы» Социалдык фондго кадрларды даярдоо, компьютерлештирүүнүн компоненттери менен камсыз кылуу, маалыматтык камсыздоо сыяктуу жардам көрсөтүлгөн, GSAC/GTAC кредитинин алкагында колдонулуп жаткан пенсиялык системага топтолуучу элементтерди киргизүү боюнча иш аракеттердин планын иштеп чыгууда жардам көрсөтүлгөн (негизинен Социалдык фондго пенсиялык топтоо фондунун функцияларын бекитүү сунушу киргизилген), топтоо элементин киргизүү үчүн зарыл болгон мамлекеттик саясатты иштеп чыгуу боюнча иш аракеттердин программасын жана планын иштеп чыгууда бул максаттарды колдоо үчүн Жакырчылыкты кыскартууга колдоо көрсөтүүгө кредиттин (PRSC) жана Япония Өкмөтүнүн көмөкчү грантынын (PHRD) алкагында техникалык жардам көрсөтүлгөн. Ошону менен бирге эле мамлекеттик социалдык камсыздандыруу бюджетине эл аралык уюмдардан эч кандай финансылык таасир этүүлөр болгон жок.